Немного я поторопился выводами. Когда всё таки прошёл полный просчёт видео на шкале времени, глюк опять появился.

Это только с одним видео файлом у меня была такая проблема.
Начал искать причину и заметил, что проблема была в записи. Записывал я это видео через веб камеру Logitech HD Pro Webcam C920. Оказалось, что при записи звук записывается с опозданием.