Когда я ставлю 3Д титры и сохраняю, то автоматом сохраняется в анаглифе и картинка получается точно такая же, как у вас.
Короче, если на тайм-лайн есть объект 3Д, то по умолчанию сохраняется в 3Д (анаглиф)
Внимательно смотрите при сохранении.
при сохранении
Тип
Шаблон
ещё, если есть
S3D
то выбирайте Отсутствует (2D)
см. рисунок выше