Увеличивайте масштаб на шкале времени до максимальных значений и в самом конце внимательно смотрите. Возможно, аудио дорожка на несколько кадров длиннее, чем видео дорожка. Уберите лишний "хвост" аудио, и возможно проблема исчезнет.
Если не помогло, то, если не критично, удалите последние 1-2 кадра, и пробуйте заново