Все решается очень просто.В программе от mail.ru, выбирайте папки для синхронизации. Убрав папку или выбрав другую,ничего не синхронизируется и не удаляется с сервера. Просто создайте новую папку для нового,большого файла и выберете только ее для последующей синхронизации.