-За тем я в каждом слайде снимаю галочки замены слоя на нужных слоях .
Мне кажется вся проблема вот в этом пункте.
Галочки в чек боксе "Заменимый слой" оставлять надо только на тех слоях которые в процессе создания презентации будут заменяться. Это как правило фото и видео.
В шаблонах же кроме этих слоёв имеются слои которые должны оставаться в шаблоне. Это фоны, футажи, рамки и т.д. Вот на этих слоях галочки надо снимать.