Ну как вам ещё объяснить?
Писалось же выше - проект это подобие папки в которой могут находиться отдельные презентации, объединённые в одну группу по тому или иному признаку.
В проекте работать с этими презентациями можно переключаясь от одной к другой, а не выгружая одну и загружая другую если работать с файлами презентации.
Рассматривайте это как опцию. Если вам это не надо то и не сохраняйте проект, а работайте с презентацией.
Теперь по вашему вопросу.
Если вы удалите файл презентации, то проект откроется но он будет пустой.
По аналогии с папкой. Если вы удалите файл из папки, то папка всё равно будет существовать, но этого файла в ней не будет.