""умный" режим работает прекрасно и файлы после него получаются не битые"
Беру свои слова обратно. Получаются чаще битые.

Битые, значит пользоваться такими файлами не представляется возможным.
Как можно пользоваться, когда такое:

 см.
Режим частоты кадров : Переменный
Частота кадров : 20,298 кадров/сек
Частота кадров в оригинале : 59,940 кадров/сек
Минимальная частота кадров : 19,987 кадров/сек
Максимальная частота кадров : 59,960 кадров/сек

Это и визуально видно.