Ну, что сказать... "Строили, строили и, наконец, построили..." Полная лажа с "умным" режимом.
Действия такие:
1. Файл 12-23-2012_132935.m2ts кидаем на таймлайн, выводим в новый файл режимом "умным".
2. Файл 12-23-2012_132948.m2ts кидаем на таймлайн, выводим в новый файл режимом "умным".
3. Оба новых файла "битые" получаются после "умного" вывода (в моей системе).
4. И всё-равно, новые полностью идентичные файлы, хоть и битые, помещенные на таймлайн, не активизируют "умный" режим.
Но с полученными битыми файлами, этот режим уже и не нужен.

В моих двух случаях, показанных выше, файлы взяты с youtube. Как видно, "умный" режим работает прекрасно и файлы после него получаются не битые.
Но это синтетика. С реальным сырым материалом в Вашем случае, это не так.

Вопрос: Вы не пробовали изменить режим в камере и протестировать "умный" режим?