Вопрос не в способах записи а в форматах в который вы выводите.
Если они одинаковы, то разницы быть не должно.
Просто выбирая Video for Web Devices and Computer вы не можете редактировать пресет, при выборе же Custom Video File вы можете параметры вывода настроить по своему усмотрению.