После того как отправил предыдущий пост провел 4 эксперимента. Взял кусок файла - 1 минута. И просчитал его в файл с теми же установками:
1. Чистый 2. Разрезан пополам 3. Добавлен переход 4. Добавлен фильтр.
Во всех случаях просчет составил 2.23-2,24 мин.
Возможно, программа использовала результаты предыдущего просчета при выполнении последующего просчета, поэтому и результаты одинаковые.