Про Абоб сам всякую фигню учиняет. Сделать так, чтобы он спрашивал обновлять или нет - ваше право.
Вот и сделайте.
"иногда получается путаница из разных версий проектов. " Естественно.
Вы пользуетесь скачеными проектами? Вам тогда повезло, что нарвались только на непринимаемый в качестве плагина Меркали.