xvid точно не стоит использовать как промежуточный формат для хранения и дальнейшего редактирования. есть масса форматов с сильным сжатием, позволяющих потом легко монтироваться. те же canopus HQ, qt png. они гораздо меньше некомпресса, но тоже могут иметь альфаканал. при этом нет глубокого междукадрового сжатия как xvid.