А почему это надо делать в монтажке? Приведите свои исходные клипы к стандартному виду, потом загружаете в монтажную программу. Монтажка адаптирована для работы с стандартнным видео, с нестандартным она работает не очень надежно, и первое что вы можете получить, это рассинхрон видео и звука, ведь у вас скорее всего переменная частота кадров.