Есть программа [Только зарегистрированные и активированные пользователи могут просматривать ссылки. ], пробуйте. Мануалов по ней в сети много, хотя там всё и так понятно. Хорошо работает если лого на однородном фоне, но с динамическим фоном видно мыло (программа тупо берёт соседние пиксели, естественно из них картинку динамического фона не построишь).

Или сохранять композицию в PNG или JPG секвенцию и вычищать каждый кадр отдельно в фоторедакторе или в программах типа Teorex Inpaint.

Имхо, проще отмасштабировать исходник, выбросить лого за рамку композиции и поиграть с настройками резкости.