Средства для удаления логотипов (ватермарк) с видео есть, но они довольно убоги, размытие хромает, видно, что на этом месте что то было.
Можно тупо отмасштабировать размер исходного видео и подвинуть, чтобы лого вышло за края рамки, но если исходник такого же размера как и проект или меньше, то тогда страдает качество видео. Лучшие результаты получаются если размеры исходника превышают размеры проекта, тогда и лого улетает в никуда и качество не страдает.
Ещё можно поверх чужого лого налепить своё