Минус 2-3 кадра -это не нормально. Но со следующей оговоркой.
Посмотрите на строчку Jitter. Если там не 0 ms, то всё в порядке, если до этого выполнялась постановка воспроизведения на паузу.
Так уж работает интерфейс IQualProp, что сброс значений (обнуление) происходит только при остановке графа фильтров (команда "Стоп").
Обратите на это внимание для чистоты эксперимента.

Дополнительно сравните значения показаний на разных видеоадаптерах, благо у Вас их несколько.