Было у меня такое тож.
Выход только один - вывод частями. Потом склейка.
Тоже бывает сводить приходится 4К 25к/с с 1080р 50к/с.
На будущее, смотрите чтоб 25 и 50 к/с было хотя бы. Пиннекл не любит 59,97 (вроде так точно) он их видит как 60к/с. Потом и теряет кадры, когда они накапливаются на тайм-линии.

Вспомнил.
Должно помочь - изменить надо скорость на проблемной сцене, которая на тайм-линии. Достаточно поставить 101 или 99.
Еще есть вариант, но он скорей всего не поможет - удалить временные файлы.
Тяжёлый проект начинать снова в другой монтажке никто не захочет.