Ещё уточняющие вопросы.
Исходник и экспортированный файл воспроизводятся на одном и том же плеере?
Исходник без рывков, а после экспорта рывки. Так?

Шаблон для экспорта какой?
Совпадают ли параметры экспорта со временой шкалой?
Пробуйте активировать "Всегда повторно кодировать фильм".