Проверял на двух плеерах: AMT Player 4.9.8 и MPC-BE 1.5.0
Мерцание возникает в обоих плеерах только при включении повтора файла (зацикленности воспроизведения), т.е. на втором и следующих проходах*.
При закрытии файла Ctrl+C и потом открытии мерцания нет в обоих плеерах, т.е. на первом проходе.
Поведение обоих файлов в указанных плеерах полностью аналогично.

*А вот это мне уже очень интересно.