"Насколько я понимаю, это фильтр (ААЕ), который в той или иной степени влияет на качество изображения? Оно у меня и так не очень."
ААЕ - то фильтр...? Ну, ладно. Пусть ААЕ будет фильтром. А ваши манипуляции не влияют на качество изображения? Они же касаются разрешения. А это, насколько понял, для вас - так фигня. А Эдиус взял и отказался ваш совсем немного послеманипулляционный файл потреблять. Наверное, сильно вы "улучшили" качество файла, что монтажка не кушает привычное ей от рождения.