Вегасу, при работе, конечно будет удобен ПроРес, поэтому об входном кодеке, и промежуточными рендерами вопрос и не поднимается. А вот окончательно готовый файл нет смысла выводить в монтажный кодек, сразу в просмотровый mp4. Почему пропадает эффект от Neat на рендере, по пустым словам не угадать. Во первых, это может зависеть и от настроек самого плагина, и от драйвера видеокарты, которую Neat использует для ускорения. Во вторых, есть зависимость от расположения плагина в цепочке. Я рекомендую именно Neat помещать первым -до Пан\Кропа, обосновать не смогу, но это проверено не раз. Ну и в третьих, я уже обозначал - шумодав и покрас -взаимоисключающие процессы, поэтому их желательно разнести по рендерам.
Ну и последний вопрос - про ошибки. Например: ты все настроил как нравится, поставил на рендер, дождался N-ное время, и видишь в видео то, что тебе не нравится - да что угодно, хоть ошибки, хоть "недодел-передел", т.е нужно переделывать - снова время. Для того, что бы такого не случалось проводится пробный рендер -я делаю на 1 мин тайминга проекта, но это кому как нравится -можно и 5 сек выделить...Или ты о настройках шаблона рендера? Тут все неоднозначно -зависит как от назначения видео, так и от размеров кадра -настройка битрейда, двухпроходного кодирования и т.д - тут не то что б критические ошибки, просто оптимальные значения для желаемого баланса (размер\качество), подбираются с наработкой опыта, хотя при теперешних объемах хардов, вряд ли кто то обращает внимание на разницу в пару десятков мегабайт.