Родные файлы перекодируются в монтажный кодек - легкий для реал тайма, например синеформ. После монтажа перед кодированием подменяются на родные исходники.
В премьерах последних версий это уже есть встроенная функция, с автоматической перекодировкой в прокси файлы и быстрым переключением в монтажке прокси либо файлы исходники.