Хорошее замечание. Старайтесь ставить новые скрипты не в папку программы, а в каталог: C:\Users\Ваше имя\AppData\Roaming\Adobe\After Effects\Номер вашей версии\Scripts\ScriptUI Panels.
Если этой папки у вас нет, то просто создайте её. Скрипты помещённые в эту папку будут отображаться в самом низу скриптов (первыми идут скрипты из папки программы, потом из папки в AppData).