В вашем ответе, к сожалению, нет ничего, что позволило бы как-то приблизить решение вашего вопроса. Даже скрин умудрились потерять. А сделать заново - проблема? Я пользуюсь блюффом с 4-ой версии и всегда его организация была такой, какую я вам указал. Во всех версиях. А именно - папка Shows - это только проекты блюффа. Изменяемые сэмплы от производителя или сделанные и сохраненные вами. Эффекты находились и находятся в папке Effects. Ничего никогда не менялось.И давайте с этим закончим.
"в blufftitler сделал сложный футаж". Не сделал. Если бы сделал, не было бы вопросов. Что-то пошло не так. Вот и покажите скрин рабочего окна блюффа с вашим футажем. Что там за слои, как они расположены. И скрин, что происходит не так, когда вы пытаетесь добавить эти самые ноты. Иначе дело не продвинется.