Появление и исчезновение можно просто сделать путём анимирования свойства Opacity слоя.
Можно анимировать это свойство посредством маркеров через выражение. См.[Только зарегистрированные и активированные пользователи могут просматривать ссылки. ].
А в общем появление и исчезновение можно делать не только через Opacity но и через позицию, вращение и т.д. Всё зависит от вашей фантазии.
Кроме того в АЕ во вкладке Effects end Preset имеется группа эффектов Transitions. Там много вариантов для анимации появления и исчезновения.