В АЕ так же как и в фотошопе верхние слои перекрываю нижние.
Для создания перехода достаточно сделать появление слоя который выше.
Сделать это можно по непрозрачности или путём наложения маски.[Только зарегистрированные и активированные пользователи могут просматривать ссылки. ]