может исходник со смартфона с переменной частотой кадров и по умолчанию так и выводит как есть
Нет. Исходник с постоянной частотой кадров.

под какой программой кодируеш?
Тестировал под VirtualDub2. Не устраивает Voukoder ни по каким параметрам (частично см. мой пост #4).

а про аудио я не понял вопрос
Фильтров нет. Ты в Премьере, поэтому для тебя не актуально.