Вывел в Intermediate, использовал пресеты 422 и HQ. Лучший результат показал 422 с отключенным FX резкости. Конечно намного лучше получилось, чем в MJPEG, но все еще немного заметно. И обрабатывал он намного дольше.

Вот настройки рендера
 Настройки