Это необязательно делать в ADOBE AFTER EFFECTS. Можно и в Adobe Premiere.
 маска
[Только зарегистрированные и активированные пользователи могут просматривать ссылки. ]

В этом уроке дан простейший метод. Правда подразумевался фрагмент для текста, но никто не мешает выделить всю фигуру (т.е. нужный фрагмент) и не вставлять текст.
P.S. Если не секрет, для чего нужно фон удалять?