Boilsoft Video Joiner помнится мне, была нестабильной программой. Может в новой версии, что то поменяли, но мне она не понравилась из за своей глючности.
Ещё есть VOBMerge и VirtualDubMod, но их лучше использовать для склейки AVI-шек, с MOV они не работают.