Разница в настройках проекта и вывода может сказаться только на качество результата и скорость кодировки.
Пустые кадры искать следует так.
Увеличиваете масштаб линейки времени и покадрово прокручиваете места стыков видео и места применения переходов. В пустых кадрах изображение отсутствует (чёрный экран).
Хотя повторюсь вряд ли в этом причина. Но чем чёрт не шутит?
Наличие включенного магнита не даёт 100% гарантии стыковки фрагментов.