Второй проект откройте в окне Project. Двойной клик и выбираете файл проекта *.aep.
Создаёте новую композицию длительностью равную двум выбранным проектам.
Кидаете на таймлайн итоговые композиции обеих проектов.
Для того чтобы сделать дубликат композиции выделите её в окне Project и нажмите сочетание клавиш Ctrl+D.
Дубликат можно переименовать и далее заменить в нём содержимое.
Далее как и в первом случае.
Создаёте новую композицию длительностью равную двум выбранным композициям.
Кидаете их на таймлайн.