А если убрать этот фрагмент из проекта и продолжить без него, рассинхрон сохраняется? Может быть попробовать перекодировать именно этот фрагмент в другой формат...
"в одном из файлов, начиная с определенного момента, видео начинает работать в ускоренном режиме. А звук - нормально (то есть отстает)"
Интересная фишка.
Пробовали проигрывать файл отдельно? Не в Пиннакле, а в проигрывателе, которым пользуетесь? Там как с картинкой и звуком?