Немного покопался в программе.
Вот результат.
Для разгрузки компьютера делаем следующее:
1. ПКМ по значку облака в командной строке. Выбираем "Выбрать папки".
2. В открывшемся окне снимаем галочку с чекбокса соответствующего папке которую хотим удалить с компьютера.
3. Удаляем папку.
В компьютере её нет и она не появится до того как мы снова не поставим галочку. А в облаке она присутствует.